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南昌大学药学系于2002年12月成立，目前有药理学、药物化学、天然药物化学、药剂学、药物分析学、药品营销与药事管理学、临床药理学、生物制药、药用植物与生药学9个教研室，1个国家临床药理评价基地。
药学系现有专职教师36人，其中博士生导师2人，硕士生导师21人，具有博士学位的教师8人。目前在研的国家自然科学基金项目9项，省级科研课题40余项，在SCI、EI、ISTP等收录的期刊发表学术论文50余篇，在国家自然科学核心期刊发表学术论文80篇，其他学术期刊发表的论文100余篇，同时，获新药证书2项，专利2项，省部级等科研成果奖励2项。
药学系现有药理学（1982年获得）、药物化学（2001年获得）、药物分析（2005年获得）3个硕士学位授予点，在校统招研究生人数为60余人。全日制本科专业三个，分别为药学、药事管理、临床药学，目前在校生总数为680余人。
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